Fièvre après un vaccin : notre microbiote intestinal est-il en cause ?

Deux collègues reçoivent le même vaccin, le même jour. Le lendemain, l’un est cloué au lit avec 38,5 °C, l’autre n’a rien senti. On met souvent cela sur le compte de la chance ou de la « constitution ». Une étude publiée le 8 octobre 2026 dans la revue Science, à laquelle ont participé l’Inserm et l’Institut Pasteur, propose une explication plus précise : une partie de la différence se jouerait dans l’intestin, avant même la piqûre.

En bref : chez 171 jeunes adultes vaccinés contre le Covid-19, ceux qui ont fait de la fièvre avaient, avant l’injection, une légère inflammation intestinale et des bactéries produisant beaucoup de flagelline, une protéine qui alerte le système immunitaire. Ce profil n’a pas modifié les anticorps : le microbiote semble agir sur les effets secondaires, sans toucher à la protection.

Qu’a trouvé l’étude ?

Les participants qui allaient faire de la fièvre se distinguaient avant la vaccination. Leur microbiote, l’ensemble des micro-organismes qui vivent dans l’intestin, exprimait davantage de gènes liés au mouvement des bactéries, en particulier ceux du flagelle, le long filament qui leur sert à nager. Ces personnes présentaient aussi une inflammation intestinale chronique de faible intensité.

Les bactéries en cause appartiennent surtout à la famille des Lachnospiraceae, des habitantes ordinaires de notre intestin. Elles produisent de la flagelline, la protéine dont est fait le flagelle. Or des bactéries dangereuses comme les salmonelles en fabriquent aussi. Notre système immunitaire a donc appris à la repérer comme un signal de danger, et réagit par de l’inflammation.

Point rassurant, souligné par l’Association américaine pour l’avancement des sciences, qui publie Science : ni la flagelline, ni l’inflammation, ni l’alimentation n’ont modifié la production d’anticorps. Les personnes fiévreuses étaient aussi bien protégées que les autres.

Qui a mené l’étude, et comment ?

L’étude, baptisée µHEAT, a été dirigée par Ruth Ley à l’Institut Max-Planck de biologie de Tübingen, en Allemagne. L’autrice principale est Kelsey Huus, aujourd’hui à l’université d’Ottawa. Côté français, Benoit Chassaing, directeur de recherche Inserm à l’Institut Pasteur, en est coauteur.

Les chercheurs ont recruté de jeunes adultes en bonne santé qui allaient recevoir un vaccin à ARN messager contre le Covid-19, en 2021 et 2022. Les participants ont noté leur température trois fois par jour, dans la semaine avant et après l’injection. Ils ont fourni des échantillons de selles pour analyser leur microbiote, et des prises de sang pour mesurer leur état immunitaire.

Jusque-là, c’est une étude d’observation : elle montre que fièvre et profil du microbiote vont ensemble. Pour aller plus loin, l’équipe a mené deux expériences en laboratoire.

Le microbiote peut-il, à lui seul, provoquer la fièvre ?

Chez la souris, oui, en partie. Les chercheurs ont transféré le microbiote de participants dans des souris élevées sans aucun microbe intestinal, puis ont vacciné ces souris. Celles qui avaient reçu le microbiote de personnes très fiévreuses ont développé une inflammation plus forte que celles qui avaient reçu le microbiote de personnes sans fièvre.

L’effet dépendait en partie de la capacité des souris à détecter la flagelline. C’est un argument fort pour désigner la flagelline comme l’un des responsables.

Les microbiotes des participants fiévreux ont aussi provoqué plus d’inflammation dans des organoïdes de côlon humain, de petits morceaux de tissu intestinal cultivés en laboratoire.

Ces résultats restent des résultats chez l’animal et en éprouvette. Ils renforcent l’hypothèse sans la démontrer chez l’humain.

Comment le ventre parle-t-il au système immunitaire ?

En permanence. Une grande partie de nos cellules immunitaires se trouve au contact des zones colonisées par des microbes, comme l’intestin et la peau. Elles apprennent à tolérer les bactéries utiles et à réagir aux signaux suspects.

L’étude µHEAT suggère que ce dialogue fixe une sorte de tonus immunitaire de base. Quand le microbiote produit beaucoup de flagelline, le système immunitaire reste un peu plus en alerte. Arrive le vaccin, qui stimule volontairement l’immunité : la réaction s’emballe un peu plus, d’où la fièvre.

Benoit Chassaing rappelle qu’en 2025, son équipe avait déjà montré chez la souris qu’un excès de bactéries flagellées dans l’intestin dérègle ce dialogue et favorise l’inflammation chronique. Le microbiote intéresse d’ailleurs la recherche bien au-delà des vaccins, comme nous l’expliquions dans notre article sur le microbiote et la santé mentale. Et l’hiver met ce système immunitaire à rude épreuve, comme le montre notre article tombe-t-on plus souvent malade en hiver ?

L’alimentation joue-t-elle un rôle ?

Probablement, mais ce n’est pas démontré chez l’humain. Les participants qui mangeaient beaucoup de fruits et de légumes faisaient en général moins de fièvre. Selon le communiqué de l’AAAS, les régimes végétariens allaient plutôt avec un microbiote associé à moins de fièvre. Une alimentation plus grasse ou plus transformée allait avec le profil inflammatoire.

En laboratoire, certains additifs alimentaires ont fortement augmenté la production de flagelline par des bactéries intestinales. Chez la souris, un régime de type occidental, riche en graisses, a aggravé les réactions au vaccin.

Kelsey Huus le dit clairement dans le communiqué de l’Institut Pasteur : l’équipe n’a pas pu prouver que l’alimentation dicte la réaction au vaccin chez l’humain. Il faudra des essais où l’on modifie l’alimentation des participants avant la vaccination pour le savoir.

Quelles sont les limites ?

La première tient au sujet lui-même : l’étude porte sur la fièvre. Elle ne permet pas de dire si le microbiote rend un vaccin plus ou moins protecteur.

Ensuite, les 171 participants étaient de jeunes adultes en bonne santé, vaccinés avec un seul type de vaccin, à ARN messager contre le Covid-19. Rien ne dit que les résultats s’appliquent aux personnes âgées, aux enfants ou aux autres vaccins.

Enfin, la partie humaine de l’étude reste une observation. Les expériences chez la souris montrent un mécanisme plausible. Elles ne remplacent pas un essai chez l’humain.

Le microbiote influence-t-il aussi l’efficacité des vaccins ?

C’est une autre question, que d’autres travaux ont explorée. En 2021, une étude publiée dans Frontiers in Immunology, menée lors d’un essai clinique d’un vaccin expérimental contre le VIH, a relié le niveau d’anticorps neutralisants à l’abondance de certaines bactéries avant la vaccination : le genre Eubacterium dans les selles et Prevotella sur la peau.

Ces pistes restent à confirmer. Pour l’instant, ces travaux ne permettent pas de prédire qui répondra bien à un vaccin.

Questions fréquentes

La fièvre après un vaccin veut-elle dire que le vaccin marche mieux ?

Pas d’après cette étude. Selon le communiqué de l’AAAS, l’inflammation liée au microbiote n’a pas modifié la production d’anticorps.

Faut-il prendre des probiotiques avant de se faire vacciner ?

Rien ne le justifie aujourd’hui. L’étude n’a testé aucun probiotique ni aucun régime chez l’humain. Demandez conseil à votre médecin avant tout changement.

Pourquoi certaines personnes font-elles de la fièvre à chaque dose ?

Le communiqué de l’AAAS note que la fièvre tend à revenir chez les mêmes personnes d’une dose à l’autre. C’est ce qui les a poussés à chercher un facteur propre à chacun, comme le microbiote.

Conclusion

L’étude µHEAT donne une piste concrète à une question que beaucoup se posent après une piqûre : pourquoi moi ? Une partie de la réponse se trouverait dans les bactéries de l’intestin, avant même l’injection. Si des essais confirment le rôle de l’alimentation, on pourrait un jour préparer son vaccin à table. En attendant, retenez ceci : d’après cette étude, la fièvre après un vaccin ne dit rien de la protection obtenue.

Sources

• Huus K. E. et al., « The human gut microbiome primes fever after vaccination », Science, 8 octobre 2026
• Institut Pasteur, « Le microbiome intestinal influence notre réaction face à la vaccination », communiqué du 9 octobre 2026
• American Association for the Advancement of Science, « Certain gut bacteria may intensify inflammatory responses to vaccines », repris par News-Medical, 8 octobre 2026
• « Host Transcriptome and Microbiota Signatures Prior to Immunization Profile Vaccine Humoral Responsiveness », Frontiers in Immunology, 2021

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